Erinevus Exome'i ja Transcriptome'i vahel - Erinevus-Vahel

Erinevus Exome'i ja Transcriptome'i vahel

Thepeamine erinevus exome'i ja transkriptsiooni vahel on see, et eksoom on kõigi eksonite täielik järjestus genoomi valgu kodeerivates geenides, samas kui transkriptoom on valgu kodeerivatest geenidest tuletatud RNS-molekulide kogum.Lisaks katab exome 1-2% kogu genoomi järjestusest, samas kui transkriptoom moodustab vähem kui 4% raku kogu RNA-st.

Exome ja transkriptoom on kaks järjestust, mis sisaldavad genoomi proteiini kodeerivates geenides. Mõlemal on erinevaid rakendusi nii genoomsetes uuringutes kui ka haiguste diagnoosimisel.

Kaetud peamised valdkonnad

1. Mis on Exome
- Mõiste, faktid, tehnikad
2. Mis on transkriptomees
- Mõiste, faktid, tehnikad
3. Millised on sarnasused Exome'i ja Transcriptome'i vahel
- Ühiste omaduste ülevaade
4. Mis vahe on Exome ja Transcriptome vahel
- peamiste erinevuste võrdlus

Võtmesõnad 

Exon, Exome, mRNA, valgu kodeerivad geenid, transkriptoom


Mis on Exome

Eksoom on eksonite kogumine konkreetse organismi genoomi valgu kodeerivates geenides. Genoomi kodeeriv järjestus rühmitatakse geenideks, mida võib kodeerida valkude või RNA jaoks. Prokarüootses genoomis ei katkesta kodeeriv järjestus teisi järjestusi eukarüootses genoomis, geeni kodeeriv järjestus katkeb mittekodeerivate järjestustega, mida nimetatakse introniteks. Seega nimetatakse klastrite kodeerivaid järjestusi eksoniteks.


Joonis 1: Exonid ja intronid

Valgu kodeerivates geenides transkribeerib transkriptsiooni käigus RNA polümeraas nii introneid kui ka eksoneid prekursor-mRNA-sse. Sisestatud intronid eemaldatakse järgnevate transkriptsioonijärgsete modifikatsioonide käigus. Exome'i uurimisel kasutatav peamine tehnoloogia on kogu exome järjestus (WES). WES osaleb teatud genoomi fragmenteeritud DNA hübridisatsioonis, et tuvastada sihtmärk-DNA järjestused, millele järgneb sekveneerimine.

Mis on transkriptomees

Transkriptoom on rakus ekspresseeritud mRNA-de kogum. See moodustab vähem kui 4% raku kogu RNA-st. Kuna transkriptsioon määrab proteoomi koostise, määrab see selle konkreetse raku biokeemilise võimsuse. Samuti ei saa sünteesida konkreetse raku transkriptomeetri ja see tuleb alati tütarrakku ema rakust jagamise ajal. Seega on transkriptsioon, mis on RNA tootmise protsess, etapp transkriptoomi säilitamiseks.


Joonis 2: Pluripotentsete rakkude transkriptoom

Teisest küljest, kuigi iga rakk sisaldab informatsiooni kogu liigi transkriptoomi tootmiseks, sõltuvad rakus ekspresseerivad geenid ka keskkonnateguritest. Transkriptoomide uurimisel kasutatavad kaks peamist tehnoloogiat on microarray ja RNA-seq.

Exome'i ja transkriptoomi sarnasused

  • Eksoom ja transkriptoom on kaks nukleotiidjärjestuste komplekti, mis on leitud genoomist.
  • Mõlemad on seotud valgu kodeerivate geenide informatsiooniga.
  • Nad koosnevad eksonitest.

Erinevus Exome'i ja Transcriptome'i vahel

Määratlus

Exome viitab geeni osale, mis koosneb eksonitest, mis kodeerib informatsiooni valgu sünteesi jaoks, samal ajal kui transkriptoom viitab kõikide organismi geenides ekspresseeritud RNS-molekulide koguarvule. Peamine erinevus exome'i ja transkriptomeetri vahel on seega selle määratluse põhjal seletav.

Tähtsus

Seega on eksoom valkude kodeerivate geenide eksonite kogu komplekt, samas kui transkriptom on rakus ekspresseeritud mRNA-de kogum.

DNA või RNA

Ka eksoom koosneb DNA-st, samas kui transkriptoom koosneb RNA-st.

Summa

Exome esindab 1-2% kogu genoomist, samas kui transkriptoom moodustab vähem kui 4% raku kogu RNA-st.

Tase

Teine erinevus exome'i ja transkriptoomi vahel on see, et eksoom on genoomsel tasemel, samas kui transkriptoom on transkriptsiooni tasemel.

Meetodid

Peale selle on kogu eksoomiga sekveneerimine tehnika, millega määratakse eksoom, samas kui microarray ja RNA-seq määravad transkriptoomi.

Järeldus

Eksoom on kogu geeni eksonite kogum, mille määravad genoomide WES. Seega on exome DNA-põhine kontseptsioon. Kuid transkriptsioon on RNA-põhine kontseptsioon, kuna see on kogu raku mRNA-de komplekt. Peamine erinevus exome'i ja transkriptsiooni vahel on nende kontseptsioon.

Viide:

1. Warr, Amanda et al. „Exome Sequencing: Praegune ja tulevikuperspektiivid.” G3: Geenid | Genoomid | Geneetika 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Võrk. 6. september 2018.